Profilmodul “Engineering meets Biology”

Design, Konstruktion, Analyse und Anwendung biologischer Systeme

Wintersemester 2016/2017

Dozierende

• PD Dr. Joachim Boldt
• Prof. Dr. Ulrich Egert
• Dr. Thorsten Falk
• Prof. Dr. Carsten Mehring
• Prof. Dr. Gerald Radziwill
• Prof. Dr. Michael Reth     
• Jun.-Prof. Dr. Winfried Römer
• Prof. Dr. Wilfried Weber

Ansprechpartner zu organisatorischen Fragen:

Apl. Prof. Dr. Gerald Radziwill: gerald.radziwill@bioss.uni-freiburg.de

Prof. Dr. Wilfried Weber: wilfried.weber@biologie.uni-freiburg.de

Veranstaltungszeit:

Vorlesung:                                               Montag 10-12 Uhr

Praktische Übung / Seminar:             Donnerstag 14-18 Uhr

Veranstaltungsorte:

Siehe jeweilige Veranstaltung.

Abkürzungen:

SSR:     Signalhaus, Seminarraum 00.023

SKR:     Signalhaus, Kursraum 00.003

TF:       Technische Fakultät, Georges-Köhler-Allee Geb. 082 Raum SR 00.028

EGT:     Labor AG Egert, Technische Fakultät

ETK:     Seminarraum Institut für Ethik und Geschichte der Medizin, Stefan- Meier-Strasse 26

Modulprogramm

Teil 1: Design und Konstruktion biologischer Systeme: Synthetische Biologie

Dozenten: Weber, Radziwill

Vorlesungen

Ort:                 SSR

17.10.2016:    Einführung in die Synthetische Biologie

24.10.2016:    Design und Konstruktion von optogenetischen Werkzeugen

31.10..2016:   Implementierung und Analyse von optogenetischen Werkzeugen

Praktische Übungen

Ort:                 SKR

20.10.2016:    Herstellung von Expressionskonstrukten mit „Gibson Cloning“ und Konstruktion einer Beleuchtungsapparatur

Ort: Einführung um 14:00 Uhr im SSR

27.10.2016:   Analyse der Klonierung und Implementierung von optogenetischen Werkzeugen in menschlichen Zellen

03.11.2016:    Auslesen der optogenetischen Werkzeuge in menschlichen Zellen vom vorherigen Übungstag

Teil 2: Visualisierung biologischer Systeme am Beispiel künstlicher Membranen

Dozent: Römer

Vorlesungen

Ort:                 SSR

07.11.2016:    (Ein)Blick in die Zelle – Einführung in Mikroskopiertechniken

14.11.2016:    Fortgeschrittene Mikroskopiertechniken

21.11.2016:    Die künstliche Zelle

Praktische Übungen

Ort:                 SKR

10.11.2016:    Immunofluoreszenz-Experiment.

17.11.2016:    Konfokale Mikroskopie.

24.11.2016:    Rekonstitution von zellulären Prozessen in Liposomen.

Teil 3: Analyse biologischer Systeme mittels automatischer Bildverarbeitung

Dozent: Falk

Vorlesungen

Ort:               SSR

28.11.2016:    Einführung in die mikroskopische Bildanalyse, Intensitätsmessungen in Raum und Zeit

05.12.2016:    Bildsegmentierung, automatisches Zählen und Vermessen von Objekten im Bild

12.12.2016:    Bildregistrierung (Ausrichtung), Tracking, Template Matching, aktuelle Forschung

Praktische Übungen

Ort:                 TF

01.12.2016:    Einführung in ImageJ, Auswertung der optogenetischen Experimente aus Teil 1

08.12.2016:    Segmentierung, Partikelanalyse, Colocalization, 3D Volumenrendering, Auswertung der Experimente aus Teil 2

15.12.2016:    Kompensation von Drift in Zeitserien, Tracking.

Teil 4: Anwendungen biologischer Systeme in der Immunologie und Neurotechnologie

Dozenten: Mehring, Egert, Reth

Vorlesungen

Ort:                 SSR

09.01.2017:    Elektrophysiologie neuronaler Netze und korrelierte Calcium-Dynamik, Teil 1 (Dozent: Egert)

16.01.2017:    Elektrophysiologie neuronaler Netze und korrelierte Calcium-Dynamik, Teil 2 (Dozent: Egert)

23.01.2017:    Gehirn-Maschine Schnittstelle - Wie aus Denken Bewegung wird (Dozent: Mehring)

30.01.2017:    Synthetische biologische Systeme zur Analyse immunologischer Vorgänge (Dozent: Reth)

Praktische Übungen

Ort:                 EGT

12.01.2017:    Ableitung von neuronaler Netzwerkaktivität

19.01.2017:    Calcium Imaging in vitro

Teil 5: Ethische und sicherheitsrelevante Implikationen technischer biologischer Systeme

Dozent: Boldt

Seminare

Ort / Zeit:       ETK / jeweils 14-18 Uhr

26.01.2017:    Organismus und Maschine: Biotechnologische Zukunftsvisionen und ihre ethische Relevanz.

02.02.2017:    Safety und Security in der synthetischen Biologie.

Zusammenfassung zeitlicher und örtlicher Ablauf:

Vorlesung:                                             jeweils Montag 10-12Uhr

Praktische Übung / Seminar:     jeweils Donnerstag 14-18 Uhr

17.10.2016:    Vorlesung SSR

20.10.2016:    Einführung SSR/Praktische Übung SKR

24.10.2016:    Vorlesung SSR

27.10.2016     Praktische Übung SKR

31.10.2016:    Vorlesung SSR

03.11.2016:    Praktische Übung SKR

07.11.2016:    Vorlesung SSR

10.11.2016:    Praktische Übung

14.11.2016:    Vorlesung SSR

17.11.2016:    Praktische Übung SKR

21.11.2016:    Vorlesung SSR

24.11.2016:    Praktische Übung SKR

28.11.2016:    Vorlesung SSR

01.12.2016:    Praktische Übung TF

05.12.2016:    Vorlesung SSR

08.12.2016:    Praktische Übung TF

12.12.2016:    Vorlesung SSR

15.12.2016:    Praktische Übung TF

09.01.2017:    Vorlesung SSR

12.01.2017:    Praktische Übung EGT

16.01.2017:    Vorlesung SSR

19.01.2017:    Praktische Übung EGT

23.01.2017:    Vorlesung SSR

26.01.2017:    Seminar ETK

30.01.2017:    Vorlesung SSR

02.02.2017:    Seminar ETK